Фамилия Шишненко — характерный пример украинской модели образования, которая сразу указывает на географию своего происхождения. Суффикс -енко, самый распространённый в Украине, буквально означает «маленький», «сын» или «потомок». Если Шишненко — это «чей?» — то предок носителя, скорее всего, носил прозвище или имя Шишна.

Основа «шиш» в славянских языках многозначна. Самое прямое значение — нарост, колючка, острый предмет. В прозвищах «Шиш» или «Шишка» закрепилось за человеком с заметной внешней особенностью (например, шишкой на теле) или за тем, кто занимал видное положение — «большая шишка». Однако есть и вторая, менее очевидная линия. В старых русских говорах «шишом» называли бродягу, вора или нечистого духа, но в украинской традиции это значение было менее распространено. Прозвище Шишна могло быть производным от Шиш с ласкательным или уменьшительным суффиксом -на, что характерно для украинской антропонимии.

Ключевая особенность фамилии — редкий вариант основы. Если фамилии Шишко, Шишков или Шишенко встречаются чаще, то форма Шишненко с удвоенным «н» встречается реже. Это может указывать на конкретный диалектный или семейный вариант произношения, который закрепился в документах. В метрических книгах XIX века на территории Полтавской, Черниговской и Харьковской губерний такие фамилии фиксировались именно в среде казачества и крестьянства, реже — среди мещан.

Фамилия не принадлежала дворянским родам и не попала в «Бархатную книгу». Её носители — потомки людей, получивших прозвище по внешнему признаку или по социальному положению. Поскольку суффикс -енко массово закрепился в XVI–XVII веках, время возникновения фамилии можно отнести к этому периоду, когда формировалась реестровая казацкая старшина и сельские общины. Сегодня фамилия Шишненко остаётся редкой, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: круг предков узок, а географическая привязка к Левобережной Украине почти не вызывает сомнений.