Фамилия Шишнин — редкий случай, когда основа прозвища очевидна, а вот её значение неоднозначно. В основе лежит слово «шиш», которое в древнерусском языке имело несколько значений. Первое и самое прямое — заострённый предмет, кол, прут, шип. Второе — нищий, бродяга, попрошайка (от «ходить по миру с шишом», то есть с сумой). Третье — в некоторых говорах так называли беса, черта. Какая из этих версий верна для конкретного человека, уже не установить, но прозвище Шиш мог получить и человек с острым, колким характером, и бедняк, и тот, кого считали нечистым на руку.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Шишнин — «сын Шиша» или «из семьи Шиша». Это типичная модель русских фамилий XVI–XVII веков, когда отчество или прозвище отца закреплялось за потомками. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще образовывались от мирских имён и прозвищ на согласный, форма на -ин могла указывать на более древнюю или диалектную основу.

Интересно, что фамилия Шишнин встречается в основном на севере и северо-востоке России — в Вологодской, Архангельской, Кировской областях. Это регионы, где сохранились архаичные говоры и где слово «шиш» в значении «нищий» или «бродяга» было в ходу. В южных областях фамилия почти не фиксируется, что говорит о её чёткой географической привязке. Возможна и связь с топонимами: в тех же краях есть несколько деревень с названием Шишнино, и фамилия могла возникнуть от названия места жительства, а не от прозвища.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Шишов, Шишаков, Шишкин — показывает, что Шишнин стоит несколько особняком. Шишов и Шишаков чаще связывают с «шишом» как колом или шишкой, а Шишкин — с «шишкой» как наростом или человеком важным. Шишнин же по суффиксу ближе к фамилиям от прозвищ на мягкий согласный (как Фомин, Ильин), что может указывать на более интимное, семейное прозвище, а не на уличное.

В итоге: предок носителя фамилии Шишнин, скорее всего, жил на Русском Севере, носил прозвище Шиш — либо за острый язык, либо за бедность, либо за нечистую репутацию. Фамилия не дворянская, не крестьянская в узком смысле — она из среды свободных людей, которым давали прозвища по характерным чертам.