Фамилия Шишня звучит неожиданно и режет слух, но за ней стоит прозрачная логика. Это типичный случай, когда прозвище стало фамилией без дополнительных суффиксов — так называемая «нетронутая» форма. Если бы фамилия оканчивалась на -ов или -ин (Шишнёв, Шишнин), мы бы говорили о притяжательном значении («чей?» — сын Шишни). Но здесь окончание -я указывает на то, что исходное прозвище Шишня сохранилось в качестве фамилии целиком, как это часто бывало в украинской, белорусской и южнорусской традиции.

Основа — слово «шиш» с суффиксом -н(я). В русских говорах «шиш» имело два основных значения. Первое — прямое: шип, колючка, острый предмет. Второе — переносное и гораздо более ходовое в прозвищах: «шишом» называли мелкого беса, чертёнка, нечистую силу. Отсюда «шиш» стало бранно-шутливым прозвищем для человека маленького роста, юркого, пронырливого или злого. Суффикс -н(я) в таких прозвищах придавал оттенок уменьшительности или пренебрежения: Шишня — это «маленький шиш», «чертёнок». В украинском языке слово «шишня» могло означать ещё и кустарник, заросли колючек, что тоже отсылает к той же корневой основе.

Географически фамилия Шишня редкая и привязана к юго-западным регионам России и Украины. Встречается в Черниговской, Полтавской, Курской губерниях, где подобные бессуффиксные фамилии на -а/-я были нормой. В ревизских сказках и метрических книгах XIX века носители фамилии чаще всего записаны как государственные крестьяне или казаки. Сословной элиты среди Шишней не было — фамилия осталась в низовых слоях, что подтверждает её прозвищное, а не патронимическое происхождение.

Интересная деталь: фамилия Шишня стоит в одном ряду с однокоренными Шишов, Шишаков, Шишкарёв, но отличается от них именно «обрубленным» видом. Если Шишов — это «сын Шиша», то Шишня — это сам прозвищный человек, без посредников. В современной России фамилия встречается единично, чаще всего её можно найти в Краснодарском крае и Ростовской области — следствие переселений южнорусского крестьянства в XIX–XX веках.

Так что, если ваша фамилия Шишня, предок, скорее всего, получил прозвище за внешность или характер: был невысоким, вертлявым, возможно, сварливым — или, напротив, слишком бойким, «как бесёнок». Никакой мистики, просто народная наблюдательность, застывшая в фамилии.