Фамилия Шишняк образована от прозвища, имеющего прозрачную этимологию, но неоднозначное толкование. Основа — слово «шиш» в одном из его диалектных или переносных значений. Суффикс -няк (-ак) типичен для украинской, белорусской и южнорусской антропонимии: он указывает на носителя признака (ср. Дубняк, Сосняк, Костяк). В данном случае это мог быть человек с характерной внешностью или поведением.

Самая очевидная версия — от слова «шишка» в значении «важная персона, начальник». В русских говорах «шишом» или «шишкой» называли человека с большим самомнением или того, кто занимает высокое положение. Однако не менее вероятно, что прозвище дали за физический недостаток — «шиш» на языке восточных славян означал кукиш, фигу, а также шишку, нарост на теле (опухоль, грыжу). В этом случае Шишняком могли прозвать горбуна или человека с заметной шишкой на голове.

Третья, менее распространённая версия, связывает фамилию с глаголом «шишать» — шептать, нашёптывать или делать что-то исподтишка. Тогда Шишняк — это тот, кто тайком вредит, ябедник или колдун. В пользу этой гипотезы говорит то, что в древнерусском «шиш» означало также беса, черта. Но в бытовых прозвищах такое значение встречается реже, чем внешние или социальные характеристики.

Географически фамилия Шишняк распространена на Украине (особенно в центральных и левобережных областях), в Беларуси и в южных регионах России, что подтверждает её происхождение в западнорусской или малороссийской среде. В списках запорожских казаков и реестрах Войска Запорожского XVII века встречаются носители сходных прозвищ — Шиш, Шишенко, Шишко. Фамилия Шишняк, вероятно, оформилась чуть позже, уже после закрепления прозвища за родом.

Таким образом, предок современных Шишняков мог быть либо видным человеком на селе (старостой, богатым крестьянином), либо, наоборот, обладателем заметной физической особенности — в любом случае прозвище было ярким и цепким, что и обеспечило ему долгую жизнь в качестве фамилии.