Фамилия Шишняев звучит на слух как «шишкастая», и это недалеко от истины, хотя прямой путь к прозвищу Шишняй не так очевиден. В основе фамилии лежит слово «шишка», но в древнерусском языке оно имело более широкий спектр значений, чем в современном. Шишкой называли не только нарост на дереве, но и любого человека с заметной физической особенностью: горбуна, человека с шишкой на голове или просто коренастого, плотного мужчину. Однако более вероятно, что прозвище Шишняй образовано от глагола «шишкать» — ворчать, браниться, сердиться. В таком случае Шишняем называли сварливого, ворчливого человека, который без повода «шипел» и выражал недовольство.

Фамилия образована по типичной восточнославянской модели: к основе Шишняй прибавился патронимический суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Шишняев, то есть сын Шишняя). Суффикс -яй характерен для прозвищ, образованных от глагольных форм, и встречается в фамилиях типа Булгаков, Воробьёв, но в данном случае он придаёт основе оттенок действия или свойства. Интересно, что фамилия Шишняев не получила широкого распространения и осталась достаточно редкой, что говорит о локальном бытовании прозвища.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и поволжским областям, где диалектное слово «шишняй» (ворчун) было в ходу. Встречается она и среди казачества, что неудивительно: прозвища по характеру давали часто. Однокоренные фамилии — Шишкин, Шишаев, Шишков — более многочисленны, но Шишняев выделяется именно редким суффиксом, который указывает на то, что прозвище было не просто описательным, а активным, «действующим». Таким образом, предок носителя этой фамилии, скорее всего, был человеком с непростым нравом — не злым, но брюзгливым, за что и получил своё прозвище, закрепившееся в роду.