Фамилия Шешуникова — женская форма фамилии Шешуников, которая образована от прозвища Шешуник. В основе этого прозвища лежит диалектное слово «шешун» — так в некоторых русских говорах называли непоседливого, суетливого человека или, наоборот, того, кто делает всё шиворот-навыворот, не так, как принято. Слово это звукоподражательное, близкое к «шушукать», «шептать», и могло относиться к человеку с быстрой, невнятной речью или к тому, кто постоянно возится, шуршит.

Модель образования фамилии типична для северных и центральных областей России: суффикс -ик- (Шешуник) смягчает основу, придавая прозвищу оттенок уменьшительности или принадлежности к определённой группе людей. Затем к основе на -к- добавляется патронимический суффикс -ов, что даёт буквальное значение «сын Шешуника». Форма Шешуникова, соответственно, означает «жена или дочь Шешуникова».

Фамилия редкая и локальная. Анализ географии её бытования показывает концентрацию в Вологодской и Архангельской областях, что подтверждает севернорусское происхождение. В этих краях слово «шешуня» также фиксировалось в значении «непоседа», «ерш» (о ребёнке). Таким образом, предок-носитель фамилии почти наверняка был крестьянином или посадским человеком Русского Севера, получившим прозвище за живой, беспокойный нрав или манеру говорить.

Интересная деталь: в некоторых говорах «шешун» — это ещё и вид старой одежды, нечто вроде кафтана или зипуна. Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с этим значением: прозвище Шешуник мог получить портной, шивший такую одежду, или человек, носивший характерный «шешун». Однако первая версия — от черт характера — выглядит убедительнее, так как прозвища по поведению встречаются гораздо чаще профессиональных.