Фамилия Шестакова, которую вы, скорее всего, имеете в виду (написание «Шестаква» — редкая опечатка или искажение), образована от прозвища Шестак. В её основе лежит числительное «шесть» и суффикс -ак, который в древнерусских именах часто указывал на порядковый номер ребёнка в семье. Шестаком называли шестого по счёту сына или дочь (в женском варианте — Шестачка). Такая система имён-номеров была распространена в крестьянской среде до XVI–XVII веков: Первак, Вторак, Третьяк, Четвертак, Пятак, Шестак и так далее. Со временем прозвище перешло в фамилию через стандартный патронимический суффикс -ов, означающий «чей?» — то есть «сын Шестака».

Интересно, что в некоторых говорах «шестак» имело и другие значения: так могли называть молодого парня-подростка (по аналогии с «шестком» — местом у печи, где держали мелкую утварь), а в южнорусских и украинских диалектах — меру сыпучих тел или мелкую монету. Однако для фамилии Шестакова наиболее вероятна именно «порядковая» версия — она подтверждается многочисленными параллелями (Шестаков, Шестаченко, Шестак). Географически фамилия встречается повсеместно, но особенно плотно — в бывших центральных и северных губерниях России, где система имён-чисел была наиболее устойчива.

С точки зрения словообразования, фамилия Шестакова — чисто русская, с типичным суффиксом -ов, указывающим на принадлежность к роду. Женская форма Шестакова — это не отдельная фамилия, а грамматическое изменение мужской (жена или дочь Шестакова). Если вы встретили написание «Шестаква», скорее всего, это ошибка переписчика или особенность местного произношения (например, в некоторых диалектах фамилии на -ов могли произносить с редукцией гласных). В документах и метрических книгах XIX века такие искажения встречались нередко, но правильным вариантом считается Шестакова.