Фамилия Шестерников образована от прозвища, в основе которого лежит слово «шестерник». В русских говорах так называли не только упряжку из шести лошадей, но и человека, который правил такой упряжкой — возницу, кучера, ямщика. Шестерка лошадей считалась парадной, богатой упряжью, и управлять ею доверяли опытному, умелому вознице. Поэтому предок носителя фамилии мог быть ямщиком или кучером, обслуживавшим знатных или состоятельных людей, либо владельцем собственного выезда.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов присоединялся к основе, указывая на принадлежность — «сын Шестерника». В документах фамилия фиксируется с XVII века. Например, в переписных книгах Московского уезда 1678 года упоминается крестьянин Ивашко Шестерников. Это говорит о том, что фамилия бытовала в крестьянской среде, где прозвища по ремеслу были особенно распространены.

Интересно, что «шестерник» могло означать и человека, работающего с шестеренками, то есть мастера-механика, но это значение более позднее и менее вероятное для прозвища. В ономастике предпочтение отдают ямщицкой версии — она древнее и встречается в источниках раньше, чем технические термины. Также не стоит путать фамилию с однокоренной Шестернёв — там другой суффикс, указывающий на прозвище без отчества, а здесь мы видим именно патронимическую форму.

Встречается Шестерников в основном в центральных и южных регионах России, где ямская гоньба была развита особенно сильно. Фамилия редкая, но не уникальная: в XIX веке ее носили мещане и купцы в Курске, Воронеже, Саратове.