Фамилия Шестерникова образована от прозвища Шестерник. В его основе — слово «шестерня» или «шестерник». Тут сразу две основные версии, и обе ведут в крестьянский или ремесленный быт.

Первая: шестерником называли шестёрку лошадей, запряжённых в один экипаж, а также ямщика, который правил такой упряжкой. Прозвище могли дать зажиточному возчику или содержателю постоялого двора, который держал полный выезд. Вторая версия — от слова «шестерня» в значении зубчатого колеса. Тогда Шестерником прозвали мастера-механика или токаря, который делал такие колёса. Встречается и более простое объяснение: шестерником в некоторых говорах называли шестого ребёнка в семье — по аналогии с «четверняк», «пятерняк». Но это менее вероятно: прозвища по порядку рождения чаще давали по счёту (Первой, Второй), чем через суффикс -ник.

Суффикс -ов в окончании указывает на принадлежность: Шестерников — сын Шестерника. Фамилия типична для центральных и северных губерний России, где ямщицкий промысел был распространён. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с этой фамилией в Вятке, Перми, Костроме.

Редкий момент: в фамилии Шестерников нет суффикса -ин, который обычно присоединяют к основам на -а/-я (как в фамилиях Шестернин, Шестерин). Форма на -ов говорит о том, что прозвище Шестерник воспринималось как существительное мужского рода с нулевым окончанием — то есть как прозвание, а не как уменьшительное имя. Это отличает её от однокоренной Шестериков, где в основе лежит другое слово (шестерик — мера или предмет из шести единиц).

Таким образом, предок носительницы фамилии Шестерникова — скорее всего, либо ямщик, управлявший шестёркой лошадей, либо ремесленник, делавший зубчатые колёса. Оба занятия в старину были уважаемыми и приносили неплохой доход.