Фамилия Шестикова — женская форма фамилии Шестиков. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Шестик. В русской традиции такие имена давали по числу детей в семье: Шестиком могли назвать шестого по счёту ребёнка. Аналогично появлялись Первак, Вторак, Третьяк, Четвертак, Пятак. Модель образования простая: числительное «шесть» плюс уменьшительный суффикс -ик, который в данном случае не столько уменьшал, сколько указывал на порядковый номер.

Фамилия Шестиков фиксируется в северных и центральных регионах России. В переписных книгах XVII века встречаются крестьяне с таким прозвищем в Вологодском и Тотемском уездах. Это согласуется с тем, что прозвища по порядку рождения чаще бытовали в крестьянской среде, где детей было много и их различали не по отчеству, а по счёту.

Суффикс -ов в фамилии Шестиков указывает на принадлежность: «чей?» — Шестиков, то есть сын или потомок Шестика. Это стандартная патронимическая модель, самая распространённая в русских фамилиях. Если бы предка звали не Шестик, а Шестак (вариант с суффиксом -ак), фамилия звучала бы как Шестаков. Оба корня — от числительного «шесть», но в Шестикове акцент именно на порядковом номере, а не на прозвище по росту или предмету.

Есть и менее вероятная версия: от слова «шестик» как уменьшительного от «шест» — тонкая жердь или палка. Тогда прозвище мог получить высокий и худой человек. Но в таком случае логичнее ожидать фамилию Шестиков от «шеста» (шест — шестик — Шестиков), однако в говорах слово «шестик» в значении «жердь» встречалось реже, чем имя-число. Поэтому версия с шестым ребёнком выглядит убедительнее.

В современных записях фамилия Шестикова нередка в Вологодской, Архангельской и Кировской областях. Носительницы женской формы могли быть дочерьми, жёнами или вдовами Шестиковых — фамилия в женском роде не меняет своего происхождения, а лишь указывает на пол.