Фамилия Шестиканова — женская форма мужской фамилии Шестиканов, и её разбор стоит начать с суффикса. Модель на -ов(-а) указывает на принадлежность: Шестиканов — сын или потомок человека по прозвищу Шестикан. Это типичная патронимическая фамилия, образованная от прозвища, а не от крестильного имени.

Основа «Шестикан» сложная, состоит из двух частей: числительного «шесть» и корня «-кан». В русских говорах «кан» — это не только «капкан» или «ловушка», но и устаревшее название для «сосуда», «кувшина» или даже «петуха» (в некоторых диалектах). Однако в контексте прозвища правдоподобнее версия, что «кан» восходит к тюркскому «хан» (владыка, правитель) или к диалектному «кан» в значении «кровь». Прозвище «Шестикан» могло означать человека, который имел отношение к шести ханам (например, служил шести правителям), или того, кто был «шестикровным» — то есть имел шесть родственных линий. Но самая простая и бытовая версия — прозвище по внешнему признаку: человека с шестью громкими, «петушиными» чертами характера или с шестью «каннами» (сосудами) в хозяйстве.

В ономастических справочниках фамилия Шестиканов не встречается в списках распространённых дворянских или купеческих родов. Скорее всего, она крестьянская или посадская, возникла в северных или центральных губерниях России, где были сильны диалектные традиции и смешение с тюркскими элементами. Географически фамилия редкая, не имеет ярко выраженного ареала, что говорит о её локальном происхождении — возможно, от прозвища одного человека в конкретной деревне.

Ударение в фамилии падает на третий слог: Шестика́нов. В написании важно не путать с вариантом «Шестиканов» (без буквы «а» в середине) — это другая фамилия, образованная от имени «Шестикан» как от формы «Шестой» + «Кан». Шестиканова же — это именно женская форма, которая в русской традиции не склоняется по падежам как прилагательное, но в быту часто сохраняет форму мужского рода в документах.