Фамилия Шейдяков — редкий случай, когда основа напрямую связана с исторической личностью, а не с бытовым прозвищем или профессией. В основе лежит тюркское имя Шейдяк (варианты — Шидак, Шейдяк). Самое известное упоминание — ногайский мурза Шейдяк, живший в XVI веке, участник политических событий на южных рубежах России. Имя восходит к тюркскому слову со значением «щедрый», «дающий подарки» или, по другой версии, к арабскому «сайид» (господин) с тюркским уменьшительным суффиксом.

Суффикс -ов указывает на принадлежность: Шейдяков — «сын Шейдяка» или «потомок Шейдяка». В русской ономастике такие фамилии нередко закреплялись за служилыми татарами и выходцами из Орды, которые переходили на русскую службу и получали поместья. Поэтому носители фамилии Шейдяков, скорее всего, происходят из среды служилого дворянства татарского происхождения, а не из крестьян или посадских.

Встречается фамилия преимущественно в центральных и южных регионах России, где исторически селились выходцы из Ногайской Орды и Казанского ханства. Известны дворянские роды Шейдяковых, упоминаемые в родословных книгах конца XVII — начала XVIII века. В советское время фамилия стала редкой — часть носителей сменила её на более «русские» варианты, часть утрачена в войнах и репрессиях.

С точки зрения словообразования фамилия прозрачна, но её история необычна: она не от прозвища, не от ремесла, а от имени конкретного исторического деятеля, что сразу выделяет её из ряда типичных русских фамилий.