Фамилия Шейеин — редкий случай, когда написание почти полностью совпадает с произношением, но при этом скрывает неочевидную основу. На первый взгляд, в ней слышится что-то иноязычное, возможно, восточное, но на самом деле это исконно русская фамилия, образованная по стандартной модели.

Ключ к разгадке — суффикс -ин. В русских фамилиях он указывает на принадлежность: «чей?» — «Шейеин», то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Шей. В основе лежит краткая форма крестильного имени Шей, которая могла возникнуть от полного имени Шейх (арабское «старейшина», «глава рода») или, что более вероятно для русского контекста, от канонического имени Шей (в святцах — мученик Шей, почитаемый православной церковью). Имя Шей встречалось в старину, хоть и было редким. Таким образом, фамилия Шейеин буквально означает «потомок Шея».

Вторая, менее распространённая версия связывает основу с прозвищем. В северных и сибирских говорах «шея» могло означать не только часть тела, но и узкий проход, перешеек, а также — в переносном смысле — упрямого, «крепкошея» человека. Если прозвище Шей дали за характер, то фамилия Шейеин — «из рода Шея» — возникла бы по тому же принципу. Однако, учитывая, что суффикс -ин чаще присоединяется к личным именам, чем к прозвищам, версия с именем выглядит убедительнее.

Географически фамилия Шейеин почти не встречается за пределами России. Единичные носители зафиксированы в центральных областях и на Урале. Это говорит о том, что фамилия не получила широкого распространения и осталась локальной, возможно, восходя к одному роду, основанному человеком по имени Шей. Сословная принадлежность предков неясна: носители могли быть как крестьянами, так и мещанами — фамилия не содержит маркеров дворянства или духовенства.

В написании обращает на себя внимание двойное «е» — Шейеин, а не Шеин. Это не ошибка, а отражение старого произношения, где гласная после йота сохранялась и на письме. В некоторых документах XIX века встречается вариант Шеин, но форма с двумя «е» более архаична и точнее передаёт звучание.