Фамилия Шейгородский — редкий случай, когда географическая основа почти наверняка переплетается с прозвищным корнем, но не даёт однозначного ответа. Модель на -ский указывает на дворянское или польско-шляхетское происхождение: такие фамилии чаще всего образовывались от названий населённых пунктов, поместий или урочищ. Носитель — человек, чьи предки владели или жили в месте, которое называлось Шейгород, Шейгоры или Шейгородок.

Сам корень «шей» в топонимике неочевиден. Это может быть искажённое «шейка» (узкий перешеек, изгиб реки), либо диалектное прозвище человека с длинной шеей — отсюда и название поселения по первопоселенцу. Вторая часть, «город», в древнерусской топонимии означала не столько крепость, сколько огороженное место, селение. Соединяясь, основа даёт значение «селение у Шеи» или «городок человека по прозвищу Шея».

В польском языке есть слово «szyja» (шея), что допускает и западнославянское происхождение фамилии. В таком случае Шейгородский мог быть выходцем из местечка вроде Шейгур (Szejgór) на территории бывшей Речи Посполитой. Поскольку фамилии на -ский в русской среде часто получали духовные лица и мелкопоместные дворяне, предок Шейгородского мог быть священником, переведённым из польских земель, или шляхтичем, чьё имение называлось Шейгород.

Встречаемость фамилии крайне низкая. Основной ареал — юго-запад России и восток Украины, что косвенно подтверждает её польско-украинские корни. В дореволюционных метриках Шейгородские фиксируются в Подольской и Волынской губерниях, где было много польских колонистов и православных священников с фамилиями на -ский.

С точки зрения словообразования фамилия стоит в одном ряду с Белогородским, Новгородским, но с редкой первой частью. Если бы основа была «Шей» от еврейского имени Шей (Шея), то суффикс -ский был бы нетипичен — в еврейской антропонимике чаще встречаются -ович, -зон, -ман. Поэтому версия с географическим названием или прозвищем остаётся основной.