Фамилия Шейхмагомедов — яркий пример того, как в одной русской фамилии соединились арабский, тюркский и русский языковые слои. Она образована по стандартной русской модели отчества с суффиксом -ов, который в данном случае означает «сын» или «потомок». Основа фамилии — личное имя Шейхмагомед, которое, в свою очередь, является сложносоставным.

Имя Шейхмагомед (часто встречающееся в формах Шихмагомед, Шахмагомед) состоит из двух частей. Первая — «шейх» (араб. شيخ) — означает «старец», «глава рода», «мудрец», а в исламской традиции — почётный титул духовного наставника или знатока религии. Вторая часть — «Магомед» — это один из вариантов произношения имени пророка Мухаммеда (араб. محمد), что переводится как «восхваляемый», «достойный хвалы». Таким образом, имя Шейхмагомед можно истолковать как «почтенный, как Магомед» или «шейх во имя Магомеда». Это теофорное имя, то есть содержащее указание на Бога или его пророка, что типично для мусульманской антропонимии.

Географически фамилия Шейхмагомедов почти наверняка указывает на происхождение предков из регионов традиционного распространения ислама на Кавказе — в первую очередь из Дагестана, Чечни, Ингушетии, а также из Азербайджана. В этих местах имя Шейхмагомед (в местных произношениях — Шихмагомед, Шахмагомед) было и остаётся распространённым. Фамилия появилась в результате русификации — когда в XIX–XX веках представители горских народов получали паспорта, к их имени и имени отца (патрониму) добавляли русский суффикс -ов/-ев, превращая отчество в наследственную фамилию.

Примечательно, что суффикс -ов здесь — не показатель этнической принадлежности, а чисто грамматическая примета русской документации. Внутри своей культурной среды носители этой фамилии могли не использовать её в быту, называясь по имени и отцу (например, Шейхмагомед Магомедович). Фамилия Шейхмагомедов — одна из тех, что несут в себе не только родословную, но и чёткую конфессиональную и региональную идентичность: её носители — почти всегда мусульмане, а их предки происходят из горных районов Северного Кавказа.