Фамилия Шейкинова — женская форма фамилии Шейкинов, которая встречается реже, чем её «мужской» вариант, но сохраняет ту же основу и историю. Первое, что бросается в глаза: суффикс -ин, а не более распространённый -ов. Это указывает на модель образования от существительного или прозвища, оканчивающегося на -а или -я. В русской ономастике фамилии на -ин традиционно означали принадлежность к роду человека, носившего такое прозвище или имя: «чей?» — «Шейкинов», то есть «сын Шейкина» или «потомок Шейки».

Корень «шейк-» неочевиден. Самая вероятная версия — происхождение от прозвища Шейка. В старину шейкой называли не только часть тела, но и узкий перешеек, горловину, а также могли дать такое прозвище человеку с длинной или тонкой шеей. Сравните с фамилиями Шеин, Шейкин — они одного корня. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные прозвища, образованные от частей тела, относятся к древнему пласту бытовых имён, которые давали по внешности. Менее вероятно, но возможно, что основа связана с тюркским словом «шейх» (духовный наставник) — через адаптацию в русском языке оно могло превратиться в «Шейка» или «Шейк». Однако для фамилии Шейкинова такая версия слабая: суффикс -ин в этом случае был бы нехарактерен, и фамилия скорее имела бы форму Шейхов.

Географически фамилия Шейкинов (и её женская форма) встречается в основном в Поволжье и на Урале, особенно среди татарского и башкирского населения, а также в русских семьях, живших в смешанных регионах. Это подтверждает возможное тюркское влияние, но не исключает и чисто русского происхождения от прозвища. В архивных записях XIX века Шейкиновы упоминаются как крестьяне и мещане из Казанской и Оренбургской губерний.

Суффикс -ов в мужском варианте (Шейкинов) — вторичное явление: если исходное прозвище было Шейка, то фамилия могла звучать как Шейкин (сын Шейки). Форма с -ов (Шейкинов) возникла позже, возможно, под влиянием канцелярской записи или из-за путаницы с другими фамилиями. Такая двойная суффиксация — редкий случай, который делает фамилию примечательной: она как бы «удвоила» указание на родство, что говорит о позднем оформлении или о том, что носитель хотел подчеркнуть династию.

Таким образом, предки человека с фамилией Шейкинова, скорее всего, получили прозвище по внешней примете (длинная или худая шея) и жили в районах Поволжья или Приуралья. Фамилия не дворянская, а народная, крестьянская или мещанская, что типично для большинства русских фамилий на -ин.