Фамилия Шейпакова — женская форма фамилии Шейпаков, и её происхождение стоит искать в прозвище или профессиональном имени предка по мужской линии. Основа «шейпак» не является общеупотребительным русским словом, что сразу указывает на её возможное заимствование или диалектное происхождение.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с тюркскими корнями. В ряде тюркских языков, особенно у народов Поволжья (татары, башкиры) и Средней Азии, слово «шейпак» или близкое по звучанию могло означать «мешок», «сума», «котомка». Соответственно, прозвище Шейпак могли дать человеку, который шил мешки, торговал ими или же носил с собой характерную сумку. Другая тюркская параллель — слово «шайпак» (или «шайба»), обозначающее нечто плоское и круглое, что могло стать прозвищем по внешности или роду занятий.

Менее распространённая, но не исключённая версия — связь с диалектным русским словом. В некоторых говорах «шейпак» могли называть нерасторопного, мешковатого человека или, наоборот, того, кто «шуршит», шевелится (от глагола «шепать» — щипать, драть). Однако из-за редкости такого слова в русских диалектах эта гипотеза уступает тюркской.

Модель образования фамилии типична: суффикс -ов/-ев присоединялся к основе, образуя притяжательное прилагательное (Шейпаков — сын Шейпака). Географически фамилия Шейпаковы встречается в регионах с исторически смешанным русско-тюркским населением — в Поволжье, на Урале, а также в Сибири. Это подтверждает версию о том, что предки носителей фамилии могли быть выходцами из татарской, башкирской или чувашской среды, со временем обрусевшими.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Шайпаков, Шейпаков (без -к-), Шайбеков — показывает, что корень «шейп-/шайп-» вариативен, что характерно для заимствованных слов, адаптированных на слух. Фамилия Шейпакова не принадлежала к дворянским родам — её носители, скорее всего, были крестьянами, ремесленниками или мелкими торговцами.