Фамилия Шибардина — женская форма от Шибардин. Её основа — прозвище Шибарда, а корень почти наверняка связан с глаголом «шибать»: бить, ударять, кидать, бросать. В русских говорах «шибарда» — это не только драчун, задира (тот, кто шибает), но и сильный порыв ветра, буря, а также неопрятная, растрёпанная женщина. Впрочем, прозвища редко бывают однозначными: «шибардой» могли прозвать и бойкого торговца (от «шибать» в значении «торговать, барышничать»), и просто неугомонного человека.

Словообразовательная модель проста и типична для северных и центральных областей России: основа Шибард- плюс суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Шибарды). Такие фамилии на -ин чаще всего встречаются в северорусских землях, в частности в Архангельской, Вологодской, Вятской губерниях. Шибардины исторически концентрируются именно в этом поясе — от Поморья до Приуралья. Есть и однокоренные «родственники»: Шибаев, Шибалов, Шибанкин, Шибанов — все они восходят к тому же гнезду «шибать».

Менее вероятная, но возможная версия: связь с диалектным словом «шибарь» — шатун, бродяга (в рязанских и тамбовских говорах). Тогда Шибарда — вариант того же прозвища, с другим суффиксом. Но основная линия всё-таки — «драчун» или «торгаш». В любом случае, человек, первым получивший такое прозвище, был заметным: либо с крутым нравом, либо с шумным ремеслом.

По сословной принадлежности Шибардины, скорее всего, крестьяне или посадские люди. В документах XVI–XVII веков фамилия не фиксируется среди знати, а встречается в писцовых книгах и переписях как прозвищное имя. Например, в Вятской земле известен крестьянин Шибарда (XVII век), от которого и пошёл ряд однофамильцев.