Фамилия Шибедин — редкая и нестандартная по структуре. Она не вписывается в привычную модель на -ов/-ев, -ин или -ский, что сразу указывает на её более позднее происхождение или нерусскую основу. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от прозвища или имени, к которому добавили суффикс -ин, но с необычным финальным элементом. Однако здесь вероятнее всего другой механизм: Шибедин — это русифицированная форма тюркского или кавказского имени или прозвища, которое при записи в русских документах получило окончание, типичное для русских фамилий, но не путём прибавления суффикса, а через адаптацию самого имени.

Основа «Шибед» или «Шибет» может восходить к тюркскому слову «шибе» (или «шебе»), означающему «плетень», «изгородь», «плетёная стена». В переносном смысле так могли назвать человека, который занимался плетением корзин, изгородей или даже строительством домов из плетня. Другая версия связывает фамилию с тюркским именем Шибет или Шибей, которое, в свою очередь, может быть производным от «шиб» — «любимый», «милый». В таком случае Шибедин — это адаптированная форма отчества: «сын Шибеда».

Географически фамилия наиболее вероятна в регионах, где происходило смешение русского и тюркского населения: Поволжье, Приуралье, Сибирь. Встречается она и среди татар, башкир, а также у русских, чьи предки были крещёными татарами или выходцами из тюркской среды. В русских документах фамилия могла писаться по-разному: Шибедин, Шибеддин, Шибидин — что отражает колебания в передаче иноязычных звуков.

Сравните с однокоренными фамилиями: Шибаев, Шибанов, Шибков. У них основа «шиб» (от «шибать» — «бить», «ударять») иная. Фамилия Шибедин стоит особняком — её корень не имеет отношения к русским глаголам, а указывает на тюркское происхождение. Таким образом, предки носителя этой фамилии, скорее всего, были людьми, занимавшимися плетением или строительством, либо же носили прозвище Шибет — «любимчик».