Фамилия Шибилкина — женская форма фамилии Шибилкин. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Шибилка. Само слово «шибилка» в русских говорах имеет несколько значений, и выбор наиболее вероятного зависит от того, откуда родом были первые носители фамилии.

В северных и центральных областях России «шибилкой» называли кистень или другой ударный предмет, а также непоседливого, бойкого человека, который «шибко» (быстро, резво) двигается. В этом случае фамилия указывала на характер предка — живого, шустрого или, возможно, драчливого. В южных говорах «шибилка» могла означать небольшой кустарник или ветку, что могло стать прозвищем для человека, жившего у зарослей, или для того, кто занимался плетением из лозы.

Суффикс «-ин» в фамилии Шибилкин типичен для русских фамилий, образованных от основ на -а, -я. Он указывает на принадлежность: «чей?» — сын Шибилки, то есть потомок человека, носившего прозвище Шибилка. Модель образования простая и древняя, характерная для крестьянской и посадской среды, где редко использовались полные церковные имена, а в ходу были прозвища.

В отличие от фамилий на «-ов», которые часто образовывались от имён с твёрдым окончанием (Иван — Иванов), «-ин» чаще связан с прозвищами, оканчивающимися на согласный звук после гласной. В словарях русских фамилий (например, в работах Б. Унбегауна) такие формы описываются как исконно русские, распространённые в основном в северных и поволжских регионах.

Фамилия Шибилкина довольно редкая. Она не принадлежала дворянским родам и не фиксируется в старых боярских списках. Её носители, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками. Встречается она преимущественно в Поволжье, особенно в Нижегородской и Кировской областях, а также в Пермском крае — регионах, куда в XVII-XVIII веках переселялись крестьяне из центральной России.

Таким образом, значение фамилии сводится к личной характеристике предка: либо он был «шибким», резвым человеком, либо его прозвали по какому-то предмету или месту жительства. Точное значение утрачено, но общий смысл — указание на индивидуальную особенность — сохранился в словообразовательной форме.