Фамилия Шибилкин — наглядный пример того, как прозвище, связанное с характером или поведением, превратилось в устойчивое родовое имя. Её основа — древнерусское слово «шибилка». В говорах так называли бойкого, вертлявого человека, непоседу или забияку. Слово происходит от глагола «шибить» — бить, колотить, стучать, а в переносном смысле — действовать резко и напористо. Первым носителем прозвища Шибилка был, скорее всего, человек с живым, беспокойным нравом, которого за глаза дразнили за его подвижность или драчливость.

Словообразовательная модель типична для русского севера и центральных областей. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Шибилкин — сын Шибилки. Такая форма характерна для фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а, -я (Шибилка → Шибилкин). В южнорусских и украинских землях на том же месте появилась бы фамилия Шибилко или Шибиленко, но -ин выдаёт северное или московское происхождение.

В писцовых книгах и переписных листах XVII–XVIII веков фамилия встречается в основном в Поволжье и Вятском крае. Это не случайно: в вятских говорах слово «шибилка» бытовало особенно активно, а в некоторых местах так называли ещё и небольшую деревянную колотушку — орудие для выколачивания льна или трепала. Возможно, в отдельных случаях прозвище давали не за характер, а за ремесло: льнотрепальщика или того, кто работал с таким инструментом.

Редкая версия связывает фамилию с диалектным «шибеник» — озорник, повеса. Но здесь важна разница: «шибеник» дал бы форму Шибеников, а Шибилкин чётко держится за уменьшительно-пренебрежительный суффикс -к-, который в прозвищах часто передавал насмешку или иронию. Поэтому основная, наиболее правдоподобная версия — прозвище по характеру.

Сословный состав носителей был пёстрым. В ревизских сказках XIX века Шибилкины значатся и среди государственных крестьян, и в мещанском сословии. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — она осталась в народной среде, что подтверждает её происхождение от бытового, а не от календарного имени.