Фамилия Шифанова — женская форма фамилии Шифанов, а та, в свою очередь, образована от прозвища или имени Шифан. В отличие от большинства русских фамилий на -ов, у этой нет очевидной связи с миром православных имён или распространённых ремёсел. Корень здесь тёмный, и этимологам приходится выбирать между несколькими версиями, ни одна из которых не лежит на поверхности.

Самая вероятная версия связывает Шифана с диалектным словом «шифан» — так в некоторых южнорусских говорах называли скудную, тощую пищу или, в переносном смысле, худого, невзрачного человека. В словаре Владимира Даля зафиксирован глагол «шифаться» (похожий на «шибаться») — биться, бросаться, но прямая связь с прозвищем маловероятна. Если исходить из «тощего» значения, то Шифаном могли прозвать либо бедняка, либо человека с тщедушной внешностью — такие прозвища в крестьянской среде были обычным делом и не несли оскорбительного оттенка, а просто описывали примету.

Другая, более редкая гипотеза выводит Шифана из тюркского имени Шифан (вариант Шафиан) — от арабского «шафи» (исцеляющий, целитель). В этом случае фамилия могла указывать на знахаря или человека, получившего такое имя при рождении в татарской или башкирской семье. Но тогда фамилия должна была бы писаться с ударением на второй слог (Шифанова), в то время как в русском бытовании ударение чаще падает на первый — Шифанов. Это говорит в пользу славянской, а не восточной основы.

Суффикс -ов указывает на принадлежность: Шифанов буквально значит «сын Шифана» или «человек из семьи Шифана». Такая модель типична для русских фамилий, сложившихся к XVII–XVIII векам. Встречаемость фамилии Шифанов невысока, она сосредоточена в основном в Поволжье и на Урале — регионах, где смешивались русские и тюркские диалекты. Поэтому не исключено, что корень мог быть местным, диалектным, не попавшим в общерусские словари.

Однокоренных фамилий в русском языке почти нет. Можно вспомнить разве что Шибанов — от «шибать» (бить, кидать) — но это другая основа. Шифанова стоит особняком: ни громкого дворянского рода, ни разветвлённого боярского клана за ней не числится. Это фамилия простого сословия, скорее всего крестьянского или мещанского, закрепившаяся за одной конкретной семьёй.