Фамилия Шихбубаев — яркий пример фамилии, образованной от имени-оберега с восточными корнями. В её основе лежит тюркское или иранское имя Шихбуба, которое на бытовом уровне можно разобрать на две части: «ших» (от арабского «шейх» — старейшина, духовный наставник, почтенный человек) и «буба» (в тюркских языках — «дед», «отец», «предок»). Получается, что имя Шихбуба буквально означало «почтенный дед» или «старейшина-предок». Такое имя давали не для того, чтобы описать характер ребёнка, а с пожеланием долголетия, мудрости и уважения в старости — распространённая практика у народов Кавказа и Средней Азии, где имя служило своего рода оберегом.

Фамилия образована по русской словообразовательной модели с суффиксом -ев, который присоединяется к основам, оканчивающимся на согласный или гласный (в данном случае к «Шихбуба»). Суффикс -ев указывает на принадлежность: Шихбубаев — буквально «сын (или потомок) Шихбубы». Такой способ русификации восточных имён был типичен для XIX–XX веков, когда при переписях и оформлении документов к местным именам добавляли русские фамильные суффиксы, закрепляя родовое прозвище.

Географически фамилия Шихбубаев тяготеет к регионам, где исторически жили тюркоязычные и ираноязычные народы, исповедующие ислам: это Дагестан, Азербайджан, Чечня, а также народы Поволжья (татары, башкиры). В России фамилия встречается преимущественно на Северном Кавказе, особенно в среде лезгин и аварцев, где имя Шихбуба (в разных диалектных вариантах) было нередким.

Отдельного внимания заслуживает написание фамилии. Встречаются варианты «Шихбубаев» и «Ших-Бубаев» (через дефис, что подчёркивает составное имя). Вторая форма более архаична и встречается в дореволюционных документах, где пытались сохранить структуру исходного имени. Однако в современном русском языке закрепилось слитное написание, что иногда затрудняет этимологический анализ для неподготовленного читателя.

В отличие от многих фамилий, где основа — профессия или прозвище, здесь мы имеем дело с прямой передачей личного имени. Это значит, что предки носителя фамилии, скорее всего, не были шейхами или старейшинами в прямом смысле — имя давалось с надеждой, что ребёнок вырастет достойным этих качеств. Сама фамилия не указывает на дворянское или крестьянское происхождение: в среде горских народов Кавказа фамилии по отцу носили все сословия, от узденей (свободных общинников) до бегов.