Фамилия Шихонава — редкий случай, когда в русском ономастиконе закрепилась форма, чуждая привычным славянским суффиксам. Окончание -ва выдает грузинское происхождение: это типичный патронимический суффикс, указывающий на принадлежность к роду. В основе лежит грузинское имя или прозвище Шихо, которое, в свою очередь, восходит к арабскому шейх — «старейшина», «предводитель», «мудрец». Таким образом, буквально Шихонава означает «потомок Шихо» или «из рода Шихо».

Скорее всего, фамилия сложилась в среде грузинских мусульман или в регионах, где исламская культура оставила след в антропонимии — например, в Аджарии или среди грузин-месхов. В грузинском языке ударение падает на предпоследний слог (Шихо́нава), но в русской среде его часто смещают на второй (Ши́хонава) или третий слог.

Интересно, что в русских документах эта фамилия могла писаться с искажениями — Шиханова, Шихонав, — так как окончание -ва воспринималось как женский род. На самом деле это мужская фамилия, не склоняемая по правилам грузинской грамматики, но в русском языке её склоняют как обычное прилагательное (Шихонавы, Шихонаве). Встречается она крайне редко, в основном на юге России и в среде грузинской диаспоры, и почти не имеет однокоренных параллелей в славянских фамилиях.