Фамилия Шихсефиев — редкий случай, когда её происхождение почти прозрачно, если знаешь тюркские и арабские корни. Она состоит из двух частей: «ших» и «сефи». Первая часть восходит к арабскому «шейх» (старейшина, глава рода, духовный наставник), которое в тюркских языках часто звучало как «ших». Вторая часть — «сефи» — искажённое арабское «сафи» (чистый, искренний, избранный) или персидское «сефи» (белый, светлый). Вместе «Шихсефи» можно перевести как «чистый шейх» или «светлый старейшина» — скорее всего, это было почётное прозвище или религиозный титул.

Фамилия образована по русской модели: к основе «Шихсефи» добавили типичный фамильный суффикс -ев, указывающий на принадлежность («сын Шихсефи»). Это говорит о том, что носители фамилии жили на территории Российской империи, где татары, башкиры, азербайджанцы или другие тюркские народы принимали русские фамилии по отчеству. Сама основа — не имя в обычном понимании, а скорее прозвище или звание, которое закрепилось за предком как родовое имя.

Географически фамилия Шихсефиев встречается в основном в Азербайджане, Дагестане и среди татар. В дореволюционных записях её могли писать по-разному: Шихсафиев, Шихсефиев, Ших-Сефиев — вариации зависели от местного произношения и грамотности писаря. Редкость фамилии объясняется тем, что она не перешла в массовые крестьянские фамилии, а осталась у потомков духовенства или знати.

Что касается социального статуса, то предки Шихсефиевых с высокой вероятностью были мусульманскими священнослужителями, муллами или шейхами. В тюркской среде титул «ших» нередко передавался по наследству, и когда в XIX веке началась массовая фиксация фамилий, потомки таких семей просто взяли свой титул за основу. Иных версий происхождения — от географических названий или профессий — для этой фамилии не существует, и придумывать их не стоит.