Фамилия Шиленин — хороший пример того, как одна буква в суффиксе может запутать этимолога, но на самом деле всё просто. На слух она воспринимается как типичная «-ин»-фамилия (от основ на -а/-я), но её корень указывает на другую модель.

Основа здесь — «Шилен». Это краткая форма от крестильного имени Шила (каноническое Сила, от латинского «сильва» — лес) или от имени Шило. В русской традиции имя Шило было нередким прозвищем или мирским именем: так могли назвать острого на язык или пронырливого человека, либо того, кто шил одежду. Соответственно, Шиленя — уменьшительная или уничижительная форма от Шило (по аналогии: Шило → Шиленя, как «тело» → «теленя»).

Фамилия образована по модели «отчество от прозвища на -еня»: Шиленя → сын Шиленин. Суффикс -ин здесь присоединился к основе, оканчивающейся на -я, что дало на письме «Шиленин». Если бы исходная форма была «Шилен» (без -я), мы бы получили фамилию Шиленов. Но в говорах, особенно северных и сибирских, форма на -еня была живой: Шиленя, Шиленка, Шилуха.

Вторая, менее вероятная версия — от названия реки или местности. В бассейне Оки есть речка Шиленка, но такие гидронимы обычно вторичны по отношению к антропонимам, а не наоборот.

Географически фамилия редкая. В дореволюционных переписях носители Шилениных фиксируются в основном в Вятской и Пермской губерниях — в зоне, где были сильны старообрядческие традиции и где мирские имена вроде Шило держались дольше.

Однокоренные фамилии — Шилов, Шилин, Шиленков. У них общий корень, но разная суффиксация: Шилов — от полной формы Шило, Шилин — от Шила (каноническое имя), Шиленков — от Шиленко (украинско-белорусская модель). Шиленин стоит особняком как архаичная севернорусская форма.

Сословный состав носителей не выделяется: среди Шилениных были и государственные крестьяне, и мещане. Дворянских родов с такой фамилией в «Бархатной книге» и «Общем гербовнике» нет.