Фамилия Шишленин образована по типичной для русского Севера и Сибири модели: основа на твёрдый согласный плюс суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?»). В отличие от фамилий на -ов, которые преобладают в центральной и южной России, формант -ин чаще встречается в северных и северо-восточных регионах. Сама основа — Шишленя — это неканоническое прозвище или мирское имя, образованное от слова «шишля» или «шишло».

В диалектах русского языка «шишля» — это не только уменьшительное от «шишка», но и прозвище для человека невысокого роста, юркого или суетливого. В некоторых говорах «шишлять» означало «копошиться», «делать что-то мелкое и неторопливое». Таким образом, Шишленя — человек, которого прозвали за внешность или манеру поведения. Менее вероятна, но возможна связь с инструментом «шило»: в старину «шишля» могли назвать портного или сапожника, хотя для ремесленных фамилий чаще брали прямое название профессии (Швецов, Сапожников).

Фамилия Шишленин редкая и имеет чёткую географическую привязку. Основной ареал — бассейн Северной Двины, в частности Архангельская область и прилегающие районы Вологодчины. Встречается она и в Сибири, куда переселенцы с Русского Севера принесли свои фамилии в XVII–XVIII веках. В документах XVI–XVII веков, например в переписных книгах Сольвычегодского уезда, можно найти крестьян с этим прозвищем, что подтверждает северное происхождение.

С точки зрения сословной принадлежности, Шишленины — почти поголовно крестьяне и посадские люди. Дворянских родов с этой фамилией в Российской империи не зафиксировано. Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Шишле́нин, хотя в некоторых говорах могли произносить и Ши́шленин.

Таким образом, фамилия Шишленин — это прозвище, закрепившееся за родом из северных русских земель, с ясной внутренней формой и типичной для региона словообразовательной моделью.