Фамилия Шишленина — женская форма, мужская — Шишленин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Шишленя. Разберём, что оно могло означать и как образовалось.

Корень «шиш» в русских говорах многозначен, но почти всегда связан с чем-то острым, торчащим или невысоким: шишка, шиш (остроконечный предмет, а также бес, чёрт в народной демонологии), шишок (малорослый человек). Суффикс -л- в прозвищах часто указывает на деятеля или носителя признака: например, «шишел» — тот, кто шишкает, суетится, или же «шишлявый» — сутулый, невысокий. Формант -еня (ср. Шишленя) — уменьшительно-ласкательный или пренебрежительный, типичный для древнерусских имён (Горшеня, Кисленя). Таким образом, Шишленя — человек, которого прозвали за низкий рост, сутулость или, возможно, за бойкий, «чертовской» характер.

Модель образования фамилии проста: отчество от прозвища Шишленя через притяжательный суффикс -ин. «Шишленин» буквально означало «сын Шишлени». Такие фамилии на -ин обычно давали по имени или прозвищу отца, и они особенно распространены в северных и центральных регионах России, где бытовала форма родительного падежа на -а/-я.

Географически фамилия Шишленина встречается в основном в Вологодской, Архангельской и Кировской областях — на территориях, где активно использовались прозвищные имена и сохранялась архаичная словообразовательная модель. Встречается и однокоренная фамилия Шишлёв, но она образована иначе (от «шишель» или «шишля»), что подчёркивает локальность именно формы с -еня.

Сословная принадлежность предков-Шишлениных, скорее всего, крестьянская или посадская. Фамилия не дворянская и не книжная, что подтверждается её «прозвищным» корнем и простым суффиксом. В документах XVII–XVIII веков такие прозвища фиксировались в писцовых книгах как личные имена, а фамилия закрепилась уже в XIX веке при всеобщей паспортизации.

Коротко: Шишленина — фамилия, рассказывающая о предке, которого в деревне прозвали Шишленей за внешность или повадку. Никакой тайны — живая народная речь, застывшая в отчестве.