Фамилия Шишлин восходит к глаголу «шишлять» - «копаться, мешкать». Соответственно, прозвище Шишла мог получить медлительный человек. Кроме того, В.И. Даль фиксирует соответствующие существительные: шишлюн и шишляйка в значении мешкотный, но трудолюбивый работник. В древних актах второй половины XVI века встречаются производные от этого глагола имена Шишло и Шишляй и фамилии Шишлов и Шишляков. В Москве в конце ХХ века помимо фамилии Шишлин были представлены многие другие фамилии от той же основы: Шишленин, Шишло, Шишлов, Шишляев, Шишляков. Так и прозвище Шишла закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Шишлин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шишла, со временем получил фамилию Шишлин.