Фамилия Шишлюк — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти не оставляет сомнений в своём значении. В отличие от многих фамилий, где корень затемнён или допускает десяток толкований, здесь всё прозрачно: «шиш» в русских говорах — это острый предмет, колючка, торчок, а также шишка (нарост на дереве). Прозвище Шиш или Шишло могли дать человеку маленького роста, юркому, либо, наоборот, нелюдимому и колючему по характеру. Украинский суффикс -юк (как в Бондарюк, Ковалюк) указывает на сына или потомка: Шишлюк — буквально «сын Шишла» или «маленький Шиш».

География фамилии говорит сама за себя. Шишлюки — почти исключительно западноукраинская фамилия, с заметным скоплением в Тернопольской и Хмельницкой областях, а также в соседних районах Беларуси. Это не случайно: суффикс -юк характерен для Подолья и Волыни, где он заменяет восточноукраинское -енко. Если встретите Шишлюка в России, скорее всего, его предки переселились с запада во время столыпинской аграрной реформы или в ходе более поздних миграций XX века.

Любопытная деталь: в русских говорах слово «шиш» имело ещё одно, нецензурное значение, но к фамилии оно отношения не имеет. Украинская огласовка и словообразовательная модель (Шиш-л-юк) полностью снимают эту версию. Здесь основа — не бранное слово, а безобидное прозвище по внешности или повадке, каких в крестьянской среде были тысячи. Сравните с фамилиями Шишков, Шишаев, Шишкин — все они от одного корня, но с разными суффиксами и региональной привязкой.

Фамилия недворянская, не книжная. Шишлюки — это потомки свободных крестьян или мещан, которые получили прозвище в быту и закрепили его как родовое имя. Никаких известных исторических личностей с такой фамилией нет, что нормально для фамилии, сохранившейся в основном в сёлах и небольших городках. Если вы Шишлюк, ваши предки, скорее всего, жили на западе Украины, и фамилия не меняла написания как минимум с XIX века — в отличие от тех, кого чиновники переделывали на русский лад.