Фамилия Шилькрут — редкая и необычная для русского уха. Её происхождение почти наверняка не славянское, а немецкое или еврейское (ашкеназское). В основе лежат два немецких корня: Schild — «щит» и Kraut — «трава, капуста, зелень». Однако сочетание этих слов в прямом значении («щит-трава») не даёт очевидного прозвища или ремесла. Скорее всего, это искусственная или «составная» фамилия, типичная для немецкоязычных евреев, которые в XVIII–XIX веках получали фамилии от чиновников или сами выбирали их из двух корней. В таком случае «Шильд» могло означать «щит» как символ защиты или быть частью названия местности (например, Schild — гора или район в Австрии), а «Крут» — «капуста» или «травы», что могло указывать на торговлю или огородничество. Встречается написание Schildkraut, что в буквальном переводе — «щитовая трава» (народное название некоторых растений, например, горца змеиного). Возможно, фамилия связана с прозвищем аптекаря или знахаря, который использовал такие травы.

Суффикс в русском варианте фамилии не выражен — окончание «-ут» не является типичным славянским суффиксом (как -ов, -ин). Это говорит о том, что фамилия вошла в русский язык в неизменённом виде, без русификации. Носители фамилии Шилькрут в Российской империи — это, скорее всего, выходцы из немецких колоний или еврейских местечек черты оседлости. В дореволюционных метрических книгах такая фамилия встречается редко, что подтверждает её нетипичность. Географически она могла закрепиться в западных губерниях (Волынская, Подольская, Киевская) или в Прибалтике. Сегодня фамилия практически исчезла — по открытым данным, в России её носят единицы, что делает её уникальной. В отличие от распространённых Шильдкройцев или Шильдтов, Шилькрут не имеет вариантов с «-ов» или «-ский», что указывает на позднее и прямое заимствование.