Фамилия Шилькова — женская форма, а мужская, Шильков, образована по одной из самых распространённых в России моделей: от прозвища или имени через суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Шилька). В основе лежит слово «шило» — не просто инструмент, а прозвище для человека колкого, язвительного, острого на язык. В русских говорах «шилом» могли назвать и непоседу, и того, кто постоянно «тыкается» не в свои дела. Версия простая и правдоподобная: прозвище давали по характеру, а не по ремеслу, хотя сапожники и шорники тоже пользовались шилом, и фамилия могла закрепиться за мастеровым.

Интересно, что в старых документах встречается вариант Шильков с чередованием в корне — от «шильник» (плут, мошенник в древнерусском языке). В словаре Даля «шильник» — это ещё и торговец мелочью, разносчик, что добавляет социальный оттенок. Если предок носил прозвище Шильник, то фамилия могла сократиться до Шильков через выпадение суффикса -ник, что не редкость в народной этимологии. Таким образом, носитель фамилии мог быть потомком либо острого на язык человека, либо мелкого торговца, либо даже ремесленника-кожевника.

Географически фамилия Шильков встречается в центральных областях России, особенно в бывших Владимирской, Костромской и Ярославской губерниях — там, где было развито кожевенное и сапожное дело. В этих краях «шильники» упоминаются в писцовых книгах XVII века как отдельная категория посадских людей. Фамилия не относится к дворянским — её носители, скорее всего, были из крестьян или мещан, что подтверждается отсутствием в родословных книгах. Однако есть и редкая версия: от тюркского имени Шиль, но для русского уха она звучит натянуто, так как суффикс -ов слишком плотно привязан к славянской модели.

Короткий итог: Шилькова — фамилия-характеристика. Предок был либо колким насмешником, либо сапожником, либо мелким торгашом. Точнее сказать нельзя без конкретной генеалогии, но три этих пути — самые вероятные.