Согласно одной из версий, в основе этого прозвища лежит глагол «шить». Соответственно, предок обладателя этой фамилии был портным, за что и получил прозвище Шилко. Менее вероятной представляется другая гипотеза: фамилия Шилкова ведет свое начало от нецерковного мужского личного имени Шилко, которое было нередким у русских вплоть до конца XVII в. Фамилия же Шилова появляется спустя столетие, в 16 веке: Иван Иванович Шилковаа, 1500 г., Новгород; Яков Шилова, бортник, 1530 г., Рязань. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шилко, со временем получил фамилию Шилкова.