Фамилия Шилкин образована от прозвища Шилко. Скорее всего, оно содержало указание либо на профессию предка (портной, сапожник), либо на особенности его характера (суетливость, непоседливость). Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Шилко, со временем получил фамилию Шилкин.