Фамилия Шылкин — довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто образуются от профессий или названий животных, здесь мы имеем дело с основой, которая почти не встречается в современных русских нарицательных словах. При этом модель образования проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей сын?»), а значит, в основе лежит прозвище или имя родоначальника — Шылк(а).

Самая правдоподобная версия отсылает к диалектному слову «шылка». В некоторых говорах русского севера (например, в архангельских и вологодских) так называли щеглёнка или вообще маленькую птаху. Прозвище Шылка могли дать невысокому, подвижному или щеголеватому человеку — по аналогии с птицей. Эта версия подкрепляется тем, что фамилия географически тяготеет к северным регионам, где такие говоры были распространены.

Есть и вторая, менее очевидная гипотеза: связь с тюркскими языками. В некоторых тюркских наречиях корень «шыл» или «шылык» может означать «подарок», «доля» или быть частью личного имени. Однако в таком случае фамилия должна была бы писаться через «а» (Шалкин) или сохранить иной гласный звук. Вариант с «ы» — «Шылкин» — для тюркских заимствований в русской ономастике нетипичен, поэтому версия с диалектной птицей выглядит убедительнее.

Любопытно, что фамилия Шылкин встречается в основном в двух непохожих друг на друга местах: в Вологодской области и в Республике Алтай. В Вологодчине она, скорее всего, исконная, севернорусская, а на Алтае могла появиться в результате поздних переселений или как русифицированная форма местной фамилии. Двойная география — ещё один аргумент в пользу того, что корень слова был живым в народной речи, а не книжным.

О сословной принадлежности Шылкиных говорить сложно из-за редкости фамилии. Вероятнее всего, это были крестьяне или посадские люди. В дореволюционных документах фамилия не фигурирует среди дворянских родов, и её носители не оставили заметного следа в истории — что типично для фамилий, образованных от бытовых прозвищ, а не от имён святых или знатных родов.