Фамилия Шилкиа звучит нехарактерно для русской ономастики — в ней нет привычных суффиксов -ов, -ин или -ский. Скорее всего, перед нами фамилия грузинского происхождения, где окончание -иа (или -ия) типично для многих западно-грузинских, особенно имеретинских и гурийских, родов. В грузинском языке такие фамилии часто указывают на принадлежность к роду или местности. Основа «Шилк» может быть искажением грузинского слова или имени.

Попробуем разобрать корень. В грузинском есть слово «шили» (შილი) — «лошадь», но с добавлением «к» это маловероятно. Более правдоподобно, что основа восходит к имени Шио (сокращённо Шила или Шило), популярному в Грузии благодаря святому Шио Мгвимскому. Тогда Шилкиа — это патроним: «потомок Шилы» с уменьшительным суффиксом -к- и окончанием -иа. То есть фамилия могла означать «принадлежащий к роду маленького Шилы».

Нельзя исключать и абхазский след. В абхазском языке есть фамилии на -иа (например, Чанба, Авидзба), и корень «шыл» может быть связан с местным топонимом или прозвищем. Однако в абхазской традиции ударение обычно падает на последний слог, а в грузинской — на второй, что для носителя фамилии Шилкиа стоит уточнить.

В русском контексте фамилия могла появиться через переселенцев с Кавказа или через метрические записи, где грузинское окончание -иа адаптировали как -ия (Шилкия). Вариант написания с «а» на конце — более редкий и, возможно, указывает на конкретную ветвь рода, которая сохранила архаичное произношение. Однозначно сказать, кем были предки, сложно, но, скорее всего, они происходили из западной Грузии, где фамилии на -иа особенно часты.