Фамилия Шилькичина — женская форма от Шилькичин, и её разбор стоит начать с суффикса. Модель на -ин (в женском роде — -ина) указывает на принадлежность: Шилькичин буквально означало «чей?» — «сын Шильки» или «человек из семьи Шильки». Основа здесь не полное имя, а прозвище или уменьшительная форма. Само слово «шилька» в русских говорах имело несколько значений. В северных и сибирских диалектах так называли мелкую рыбёшку (например, снетка или мойву), а также — в переносном смысле — невысокого, юркого или суетливого человека. Прозвище Шилька могли дать либо за худобу и подвижность, либо за склонность «вертеться шилом» — то есть за неусидчивость и бойкость.

Менее вероятна, но возможна связь с инструментом — шилом (сапожным или портняжным). В этом случае прозвище Шилька получал мастер-кожевник или сапожник, работавший шилом. Однако фамилии от названий профессий чаще образовывались через суффиксы -ник или -арь (Шильников, Шильников), а не через уменьшительное -ка. Поэтому версия с прозвищем по характеру или внешности выглядит убедительнее.

Географически фамилия Шилькичин (и Шилькичина) встречается спорадически — в основном в Поволжье и на Урале, но без ярко выраженного гнезда. В метрических книгах XIX века носители фиксировались чаще как крестьяне или мещане. Интересная деталь: в некоторых записях фамилию писали через «о» — Шилькочин, что отражает акающее произношение и подтверждает её устное бытование до фиксации в документах.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Шильников, Шильцев, Шильцов) показывает, что Шилькичина стоит особняком: суффикс -к- в основе указывает на более ласкательную или уничижительную форму прозвища, чем у соседей. Это не фамилия «по отцу» от полного крестильного имени (как Иванов или Петров), а чисто прозвищная, что говорит о сравнительно позднем оформлении — скорее всего, в XVII–XVIII веках, когда прозвища стали наследственными в непривилегированных сословиях.