Фамилия Шилыков образована от прозвища Шилык, а то, в свою очередь, — от слова «шило». Здесь не идёт речь о швейной игле: в русских говорах «шилом» называли не только инструмент, но и человека. В словаре Даля «шило» в переносном смысле — это «остряк, пройдоха, бойкий и пронырливый человек». Прозвище Шилык (с уменьшительным суффиксом -ык, который в фамилиях встречается реже, чем -ик) давали либо шустрому и хитрому мальчишке, либо взрослому, известному своим острым языком и неуёмной энергией.

Модель типична для северных и центральных областей России: основа на -ык/-ик плюс патронимический суффикс -ов. То есть Шилыков — буквально «сын Шилыка». Фамилия могла возникнуть и от названия ремесла: сапожники, шорники и портные постоянно пользовались шилом, и подмастерья или мастера нередко получали прозвища по инструменту. В писцовых книгах XVI–XVII веков встречаются крестьяне и посадские с фамилией Шилов — это более распространённый вариант от той же основы; Шилыков — его более редкая, уменьшительная форма.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с диалектным словом «шилык» — так в некоторых говорах называли птицу чирка или, реже, небольшой кожаный мешочек. Но ономастический словарь Б. Унбегауна и работы В. Никонова указывают на прозвищное происхождение от «шила» как на основное. Географически фамилия тяготеет к Вологодской, Кировской и Архангельской областям — как раз в этих краях суффикс -ык в основах прозвищ был особенно активен.

Таким образом, предок носителя фамилии Шилыков, скорее всего, был человеком бойким, неугомонным или занимался ремеслом, где шило — главный инструмент. Ни дворянского, ни купеческого сословия за этой фамилией не числится: она осталась в крестьянской и мещанской среде.