Фамилия Шалыков — одна из тех, где исходное прозвище почти стёрлось, но оставило след в суффиксе. Она образована по стандартной русской модели: к основе «Шалык» прибавили притяжательный суффикс -ов, означавший «сын Шалыка» или «принадлежащий Шалыку». Такие фамилии в XVI–XVII веках закрепились в основном за крестьянами и служилыми людьми, а позже стали массовыми.

Корень «шалык» неоднозначен. Самая прямая версия — от тюркского слова «шалык» (или «шалых»), которое в разных диалектах означало «глупый», «бестолковый», иногда «шаловливый». В русских говорах юга и Поволжья, где контакты с тюркскими языками были обычны, такое прозвище могли дать незлобивому чудаку или озорнику. Менее вероятно, но возможно, что «шалык» — это вариант слова «шалыга» (плеть, кнут) или «шалык» в значении «мелкий лес», «кустарник» — тогда прозвище относилось к месту жительства или занятию.

В ономастике нередко путают Шалыкова с фамилиями Шаликов, Шалыхов или Шелыков. Первые два чаще связаны с тюркским «шали» (бешеный, буйный), а последний — с русским диалектным «шелыга» (прут, хворостина). Шалыков стоит особняком именно из-за суффиксальной формы и фонетики: ударение падает на первый слог, что типично для фамилий, образованных от односложных основ.

Географически фамилия встречается рассеянно, без явного гнезда. Чаще всего она фиксируется в документах по Курской, Воронежской и Саратовской губерниям — регионах, где смешивались русское, украинское и тюркское население. В метрических книгах XIX века Шалыковы записаны как крестьяне и мещане, изредка — однодворцы. Дворянских родов с такой фамилией не известно, что указывает на её простонародное происхождение.

Современному носителю стоит помнить: фамилия не редкая, но и не частотная. Её корень не содержит негативного оттенка — в диалектах «шалык» было скорее бытовым, даже ласковым прозвищем для несерьёзного человека, вроде «баловник» или «проказник».