Фамилия Шарлыков образована от прозвища или нецерковного имени Шарлык. В её основе лежит тюркское слово «шарлык», которое в разных тюркских языках означает «половинчатый», «разделённый», а также могло относиться к человеку, имеющему какой-то физический недостаток — например, хромоту или кривизну. В ряде говоров «шарлык» — это «кривой», «косой» (о глазе). Таким образом, Шарлыком могли назвать человека с заметной асимметрией или особенностью походки.

Модель образования типична для русских фамилий XVI–XVII веков: суффикс -ов указывает на принадлежность — «сын Шарлыка». Фамилия не относится к числу самых распространённых, но встречается в Поволжье и на Урале, что неудивительно: именно в этих регионах активно смешивались русское и тюркское население, и тюркские прозвища легко входили в русский обиход.

Интересно, что в некоторых диалектах «шарлык» имело и другое значение — «мелкий, нечистый на руку человек». Впрочем, эта версия менее убедительна, так как прозвища по физическим признакам встречаются гораздо чаще, чем по поведенческим. В любом случае, Шарлыковы — это потомки человека, которого окружающие выделили по характерной черте, не обязательно отрицательной: кривизна или хромота в крестьянской среде была лишь констатацией факта, а не оскорблением.

Фамилию не стоит путать с Шарлаковым (от «шарлак» — красный, яркий, возможно, прозвище рыжего) или Шарковым (от «шаркать»). Шарлыков стоит особняком благодаря редкому тюркскому корню, который почти не встречается в других русских фамилиях. Если ваши предки носили эту фамилию, скорее всего, они происходили из крестьян или посадских людей, живших на границе русского и тюркского миров — например, в бывшей Казанской или Оренбургской губерниях.