Фамилия Шарликова — женская форма фамилии Шарликов, и её происхождение стоит искать в мужском варианте. Сама фамилия Шарликов — редкая, и её корень сразу бросается в глаза: основа «шарл-» нехарактерна для исконно русских прозвищ. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от прозвища, которое дали человеку по внешнему признаку или по манере поведения.

Самая прямая версия — от слова «шарлатан» в его старом, более широком значении. В русских говорах «шарлатан» (или «шарлыган») могло означать не только обманщика, но и крикуна, шумного человека, задиру, а иногда и просто бродягу. Прозвище Шарлатан или Шарлик закрепилось за человеком с громким голосом или неуживчивым характером. Суффикс -ик в основе Шарлик — уменьшительно-пренебрежительный, то есть прозвище могло звучать как «маленький шарлатан» (не в смысле возраста, а в смысле снисходительной оценки). От Шарлик с помощью стандартного патронимического суффикса -ов и образовалась фамилия Шарликов.

Есть и другая, менее вероятная версия, связанная с тюркскими корнями. В тюркских языках встречается имя или прозвище Шарлы, которое могло означать «знаменитый», «славный» (от слова «шар» — слава). Однако суффикс -ик в этом случае необъясним: от Шарлы мы бы ждали фамилию Шарлыков. Поэтому версия с «шарлатаном» выглядит убедительнее.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Поволжью — регионам, где были сильны тюркские влияния и где диалектное слово «шарлатан» бытовало активно. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении: прозвище дали одному человеку, и его потомки разнесли фамилию по округе. В документах XVIII–XIX веков носители фамилии Шарликовы, скорее всего, были крестьянами или мещанами, поскольку фамилии на -ов редко встречались у дворянства, если только не были искусственно облагорожены.

Таким образом, если ваш предок носил фамилию Шарликов, он, вероятно, получил прозвище от окружающих за шумный нрав или необычную манеру речи. Никакой отрицательной окраски в этом уже нет — через поколения фамилия стала просто родовым именем.