Фамилия Шарликов — одна из тех, где исходное прозвище скрыто за затемнённой формой, и разобрать её можно только через сопоставление с другими фамилиями и диалектной лексикой. В основе фамилии лежит прозвище Шарлик или Шарля. Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель: Шарликов — сын Шарлика. Но что значило само слово «шарлик»?

Здесь возможны два основных объяснения, и оба ведут в крестьянскую или ремесленную среду. Первое — от глагола «шаркать» в значении «тереть, скрести, производить шум при ходьбе». В ряде говоров «шарлик» могли назвать человека с шаркающей походкой, а также того, кто постоянно трёт что-то (например, кожевник, обрабатывающий шкуры скребком). Второе, более редкое, — от диалектного «шарлы» (обноски, ветхая одежда), тогда Шарлик — прозвище неряшливого или бедного человека.

Менее вероятна связь с тюркским «шар» (шар, круг), так как суффикс -лик в тюркских языках образует прилагательные, но тогда ожидалась бы фамилия Шарлиев или Шарликов с другим ударением. В русской среде прозвище Шарлик могли дать и по занятию: в некоторых областях «шарлить» означало «шарить, рыться», и так называли человека, который ищет что-то или занимается сбором утиля.

С географической точки зрения фамилия Шарликов встречается спорадически, без ярко выраженного гнезда, что типично для поздних фамилий, возникших от бытовых прозвищ. В дореволюционных источниках носители фиксируются в основном среди государственных крестьян и мещан центральных губерний. Родственные фамилии — Шарлов, Шарлыков, Шаркаев — помогают увидеть, что корень «шарл-/шарк-» в русской ономастике связан не с благородным происхождением, а с повседневным укладом: работой, внешностью или повадками предка.