Фамилия Шарлина в своей основе почти наверняка несёт женское начало, хотя на слух звучит как фамилия мужского рода. Секрет в суффиксе: перед нами яркий пример «матронимической» модели, когда фамилию давали не по отцу, а по матери. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Шарлин, то есть сын или потомок женщины по имени Шарла. Это редкий случай, когда в основе фамилии не мужское имя, а прозвище или имя матери, что могло говорить либо о вдовстве, либо о более заметной роли женщины в хозяйстве в конкретной семье.

Само имя Шарла — это, скорее всего, разговорная форма от церковного имени Шарлотта или Шарлота, которое пришло в русский быт через немецкое или французское влияние. В дворянской и купеческой среде XVIII–XIX веков такие имена встречались, но в крестьянской среде они были редкостью. Поэтому фамилия Шарлина могла возникнуть в среде, близкой к городам или иностранным поселениям, либо в семьях, где мать носила необычное для русской деревни имя. Впрочем, есть и вторая версия: основа могла быть не именем, а прозвищем. В некоторых говорах «шарла» или «шарлить» означало «шарить», «рыться», «беспокойно двигаться», и тогда прозвище Шарла давали непоседливому или суетливому человеку. Но эта версия менее вероятна, так как прозвища редко переходили в фамилии через женскую форму.

В географическом плане фамилия Шарлина встречается в центральных областях России и в Поволжье, но особенно заметна в документах по Нижегородской и Костромской губерниям. Там же фиксируется и однокоренная фамилия Шарлов, что подтверждает: корень «шарл-» был в ходу, но не массово. Интересно, что фамилия не получила широкого распространения и осталась относительно редкой — это может говорить о локальном происхождении от одной конкретной семьи, где мать звали Шарлотой. Таким образом, носитель фамилии Шарлина с большой вероятностью ведёт род от женщины, чьё имя или прозвище выделяло её среди окружающих, и эта необычность закрепилась в фамилии на поколения вперёд.