Фамилия Шарлыгин — одна из тех, где спорить о происхождении особенно не приходится: прозрачная основа и типичная модель образования. Словообразовательный каркас классический: суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность («чей?»), и корень, восходящий к прозвищу или имени. Основа здесь — «Шарлыга». Что это могло быть?

Самое прямое объяснение — прозвище Шарлыга, образованное от глагола «шарлыгать». В русских говорах, особенно северных и волжских, «шарлыгать» значило «шаркать, тащить ноги», «ходить с трудом», а также «шататься без дела», «слоняться». Прозвище Шарлыга могли дать человеку за медлительную или шаркающую походку, либо, напротив, за праздное шатание. В этом случае фамилия — типичная «характерологическая», описывающая манеру поведения или внешний признак.

Есть и вторая, менее очевидная версия. В некоторых диалектах «шарлыга» — это вид бороны или другого сельскохозяйственного орудия. Тогда прозвище могло перейти на крестьянина, который либо делал такие орудия, либо постоянно с ними работал. Однако эта версия встречается реже: прозвища по орудиям труда обычно образовывались от названий самого инструмента (Плуг, Цеп), а не от его диалектного варианта.

Суффикс -ин однозначно указывает на форму притяжательного прилагательного: Шарлыгин — сын Шарлыги. Это одна из древнейших моделей русских фамилий, распространённая в основном в северных и центральных областях России. Фамилия редкая, в списках частотных она не значится, что говорит о её локальном бытовании — скорее всего, в среде крестьян или посадских людей определённой волости или уезда.

Если опираться на работы Б. Унбегауна, фамилии на -ин от прозвищ с глагольной основой — обычное дело для русского ономастикона. Никаких сложных заимствований или тюркских корней тут не просматривается: основа чисто славянская, диалектная. Так что предки носителей фамилии Шарлыгин, скорее всего, были простыми людьми, которых в деревне прозвали за походку или привычку — и прозвище закрепилось в роду.