Фамилия Шаплыгин — редкий пример, когда прозвище могло быть образовано не от внешности или профессии, а от звука и манеры поведения. В её основе лежит глагол «шаплыгать» или «шаплыкать», который в южнорусских и украинских говорах означает «шлёпать», «чавкать», «схлюпывать» или «ходить, шлёпая по грязи». Человека с такой походкой или привычкой издавать характерные звуки (например, при еде) и прозвали Шаплыга — отсюда и пошла фамилия.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — сын Шаплыги. Это типичная модель для русских фамилий, образованных от прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще давали по отцу-ремесленнику или по имени, -ин закреплялся за более личными, бытовыми характеристиками.

Слово «шаплыга» не имеет отношения к «шапке» или «шаповалу» (мастеру по валянию шапок), хотя внешнее сходство с «шапкой» может ввести в заблуждение. Это чисто звукоподражательное образование, как «шлёпанец» или «шлёпанье». В словаре Владимира Даля «шаплыгать» — «шлёпать по грязи, чавкать», а «шаплыга» — «неряха, кто ходит, разбрызгивая грязь». В некоторых областях слово означало ещё и «неуклюжий, медлительный человек».

Географически фамилия Шаплыгин тяготеет к югу России — Курской, Воронежской, Ростовской областям, а также к украинским землям (в украинском есть «шаплігати» — «шкандыбать», хромать). Встречается она редко: по данным современных справочников, в России насчитывается не более нескольких сотен носителей, что делает фамилию локальной и нераспространённой.

В дворянских родословных книгах Шаплыгины не значатся — фамилия явно крестьянская или мещанская, без претензий на знатность. Однако её выразительность и звуковая образность не позволяют спутать её с другими: она сразу рисует портрет предка — человека, чьё прозвище было дано не за богатство или должность, а за живую, узнаваемую черту.