Фамилия Шапыгин звучит не на слуху, но у неё чёткая и прозрачная структура. Она образована по стандартной русской модели: к основе Шапыг- добавился патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — «Шапыгин», то есть сын или потомок Шапыги). В отличие от фамилий на -ов, которые чаще давали по именам или прозвищам на твёрдый согласный, суффикс -ин характерен для основ на -а/-я, а также для прозвищ, оканчивающихся на мягкий или шипящий звук.

Ключ к происхождению — основа Шапыг-. Скорее всего, это не каноническое имя, а прозвище. В русских говорах слово «шапыга» (или «шапыжка») имело несколько значений. В центральных и южных областях так называли старую, изношенную шапку, ветхий головной убор. Прозвище Шапыга могли дать человеку, который постоянно носил старую шапку, небрежно относился к одежде или, наоборот, торговал поношенным товаром. Вторая версия, менее распространённая, но тоже возможная: в некоторых диалектах «шапыгой» называли неуклюжего, мешковатого человека, который двигается вразвалку. Оба варианта указывают на бытовую, неофициальную среду возникновения прозвища.

В ономастическом контексте интересно сравнить Шапыгина с более частыми фамилиями того же корня — Шапкин, Шапошников, Шаповалов. Если Шапкин прямо указывает на обладателя шапки, а Шапошников — на ремесленника, то Шапыгин стоит особняком: его основа — не «шапка», а именно «шапыга», слово с пренебрежительным оттенком. Это редкий случай, когда фамилия произошла не от предмета, а от его сниженной, диалектной формы.

С географией сложнее: фамилия Шапыгин не входит в число массовых, но встречается в центральных областях России, особенно в бывших Владимирской и Костромской губерниях, а также на Вятке. В этих регионах слово «шапыга» фиксировалось в речи старожилов. Социальный состав носителей, скорее всего, был крестьянским или посадским: прозвища такого типа редко давали знатным людям. Фамилия закрепилась в среде, где внешний вид или привычки человека служили главным источником для уличного имени.

Таким образом, Шапыгин — это «сын Шапыги», а сам Шапыга — человек, которого окрестили по его старой шапке или неказистой походке. Фамилия сохранила в себе бытовой диалектизм, который сейчас почти вышел из употребления, но в XVI–XVII веках был вполне понятен соседям и односельчанам.