Фамилия Шопыгин — довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В основе лежит прозвище или неканоническое имя Шопыга, к которому добавился стандартный русский патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность («сын Шопыги»). Ключевой вопрос — что означало слово «шопыга».

Самая вероятная версия связывает прозвище с диалектным глаголом «шопыгать», который в ряде говоров (особенно северных и сибирских) означал «шаркать ногами при ходьбе», «ковылять», «идти мелким, семенящим шагом». Человек с такой походкой мог получить прозвище Шопыга. В этом случае фамилия Шопыгин — антропонимическая характеристика, описывающая физическую особенность предка.

Менее распространённая, но возможная версия — связь с диалектным словом «шопыга» в значении «небольшая вещица, мелочь». Такое прозвище могли дать человеку маленького роста или незначительному по положению, но с оттенком скорее иронии, чем осуждения.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России. Встречается в Вологодской, Кировской, Костромской областях, а также в Пермском крае — как раз в зоне бытования северорусских говоров, где глагол «шопыгать» был в ходу. В отличие от многих фамилий на -ин, образованных от крестильных имён (Иван — Иванов), Шопыгин однозначно происходит от прозвища, что говорит о том, что предок носителя фамилии был заметен в своей общине не именем, данным при крещении, а какой-то бытовой приметой или особенностью поведения.

Фамилия не имеет отношения к слову «шоп» (магазин) — это позднее заимствование, которое не могло повлиять на прозвища в XV–XVII веках, когда формировалась масса русских фамилий. В написании встречается вариант Шапыгин, но он ещё более редок и, скорее всего, является результатом акающего произношения (когда «о» звучит как «а»). В целом, Шопыгин — фамилия, которая в сжатом виде хранит память о том, как говорили и что замечали в людях несколько столетий назад.