Фамилия Шимаханов — редкий пример, когда основа почти наверняка восходит к тюркскому личному имени, а суффикс указывает на русскую модель фамилообразования. Корень здесь — Шимахан, вариант имени Шахмахан или Шахмухаммед, распространённого у тюркских народов (татар, башкир, казахов). В тюркских языках «шах» означает «владыка, правитель», а вторая часть — имя пророка Мухаммеда или просто «хан» (князь). То есть исходное имя можно перевести как «царственный правитель» или «хан-господин». Со временем в устной речи произошло стяжение: Шахмухаммед превратился в Шимахан.

Суффикс -ов указывает на принадлежность: Шимаханов буквально значит «сын Шимахана» или «из рода Шимахана». Такая модель типична для обрусевших фамилий тюркского происхождения. Если бы фамилия осталась в своей исконной среде, она могла бы звучать как Шимаханов в русской записи или Шимахан улы в татарской традиции.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Уралу — регионам, где веками жили татары и башкиры, а позже происходила активная русификация имён. Встречается она и у русских, но в таком случае это, скорее всего, результат межэтнических браков или смены сословия: в XIX веке крещёные татары нередко получали фамилии по отцу, но в русском оформлении.

Интересная деталь: в отличие от фамилий на -ин (типа Шимахин), форма на -ов здесь не случайна. Она говорит о том, что основа воспринималась как полное имя, а не как прозвище на -а/-я. Если бы предка звали просто Шимаха (как, скажем, Гриша или Митя), фамилия была бы Шимахин. Но Шимахан — это полноценное имя, поэтому и суффикс -ов.

Спорных версий немного. Иногда фамилию пытаются связать с топонимом Шимаха (есть село в Азербайджане), но это маловероятно: носители фамилии исторически сосредоточены в другом регионе, и азербайджанский след не прослеживается. Так что основной путь — тюркское имя Шимахан, обрусевшее через отчество.