Фамилия Шимбуева — редкий случай в русском ономастиконе, где основа явно восходит к тюркским или монгольским языкам, а суффикс «-ев» указывает на обрусение. Скорее всего, это женская форма от фамилии Шимбуев, образованной по модели «отец + сын»: предок носил прозвище или имя Шимбу, а его потомки стали Шимбуевыми.

Корень «шимбу» не имеет прямого славянского соответствия. В бурятском и калмыцком языках «шимбу» (или «шимба») может означать «быстрый», «ловкий», «проворный» — такое прозвище могли дать человеку за скорость в работе или в бою. Другая версия отсылает к монгольскому слову «шимбуу» — «сова». В тюркской среде прозвища по птицам встречались часто: они подчёркивали либо внешность (круглоглазый, нахохленный), либо ночной образ жизни.

Географически фамилия Шимбуева привязана к регионам, где исторически жили буряты и калмыки: Бурятия, Забайкалье, Калмыкия. В русских переписных книгах XVII–XVIII веков такие фамилии почти не встречаются — они вошли в обиход после активного включения бурятских и калмыцких родов в состав Российской империи, когда при записи в метрики и ревизские сказки инородческие имена адаптировали через русский суффикс принадлежности.

Примечательно, что фамилия сохранила архаичную форму без выпадения гласных: Шимбуев, а не Шимбов. Это говорит о том, что носители долго сохраняли память о полном звучании основы. В однокоренных фамилиях — Шимбаев, Шимбулатов — корень тот же, но с разными суффиксами, что указывает на разные ветви одного родового гнезда.

Сословно предки Шимбуевых, скорее всего, относились к казачьему или крестьянскому населению Сибири и Забайкалья, реже — к буддийскому духовенству, если прозвище было связано с ламаистскими именами (в бурятском «Шимбу» могло быть мирским именем, данным в честь какого-либо божества или качества).