Фамилия Шимолюнас — литовского происхождения. Её основа — мужское имя Шимон (Šimonas), литовский вариант библейского имени Симон (в русской традиции — Семён). Суффикс -юнас (-iūnas) в литовском языке указывает на принадлежность или происхождение: он часто присоединялся к имени отца и означал «сын такого-то» или «потомок». Таким образом, Шимолюнас — это «сын Шимона», то есть потомок человека по имени Шимон.

В литовской антропонимии фамилии на -юнас распространены в северных и центральных регионах Литвы, особенно в Жемайтии и Аукштайтии. В XIX веке, когда шло массовое закрепление фамилий у крестьян, такие окончания фиксировали патронимическую связь. Носитель фамилии Шимолюнас, скорее всего, происходил из семьи, где предка звали Шимон, а сама фамилия указывала на его наследственное прозвище.

Форма фамилии — типично литовская, с окончанием -ас. В русском языке она сохраняет исконное написание и не склоняется по правилам славянских фамилий: говорят «у Шимолюнаса», «к Шимолюнасу». Редкий суффикс -юнас встречается и в других литовских фамилиях (например, Будрюнас, Кавалюнас), но Шимолюнас выделяется тем, что в основе лежит не профессия или прозвище, а личное имя, что делает её «чистым» патронимом.

Искать однокоренные фамилии стоит в первую очередь в Литве: Шимонис, Шимайтис, Шимаускас. В польском варианте могла бы звучать как Шимонюк или Шимонович, но литовская модель образования с суффиксом -юнас даёт чёткую региональную привязку к балтийской ономастике.